Ένα από τα ωραιότερα βυζαντινά μνημεία της Περιφερειακής Ενότητας Ρεθύμνου, το οποίο βρίσκεται στην Επισκοπή Μυλοποτάμου, παραμένει εγκαταλελειμμένο στη φθορά του χρόνου.
Πρόκειται για τον ναό του Αγίου Ιωάννη, περισσότερο γνωστό ως «Φραγκοκλησιά», ο οποίος υπήρξε και καθεδρικός ναός της Επισκοπής Αυλοποτάμου.
Είναι ένα εξαιρετικό δείγμα αρχιτεκτονικής, για το οποίο δεν έχει ληφθεί καμία μέριμνα αναστήλωσης μέχρι στιγμής παρά τις κατά καιρούς συζητήσεις και το πάγιο αίτημα της τοπικής κοινωνίας.
Μάλιστα υπάρχει διχογνωμία, καθώς οι αρχαιολογικές υπηρεσίες αν και εφόσον επιληφθούν, συζητούν για τη διάσωση των ερειπίων που σήμερα έχουν απομείνει, όμως κυρίαρχη θέση και θέληση των κατοίκων της περιοχής είναι να αναστηλωθεί πλήρως και να ξαναλειτουργήσει ως Ιερός Ναός.
Τα ερείπια που διασώζονται καταδεικνύουν ένα περικαλλή ναό, ογκώδη, με παρεκκλήσια και λειτουργικούς χώρους, εντυπωσιακά διακοσμητικά στοιχεία και πλούσιο τοιχογραφικό διάκοσμο.
Σήμερα τα απομεινάρια του στην πλατεία της Επισκοπής μένουν για να θυμίζουν ένα παρελθόν ένδοξο «περιμένοντας» πρωτοβουλίες από τις αρμόδιες αρχές, που οφείλουν να επιληφθούν για την αποκατάστασή τους.
Μάλιστα, στον χαρακτηρισμένο υψηλής πολιτιστικής αξίας οικισμό της Επισκοπής με τα εξαιρετικά αρχοντικά και πολυάριθμα πολιτιστικά στοιχεία που υπάρχουν, η αποκατάσταση ενός τέτοιου μνημείου θα δημιουργούσε ένα σημαντικό πολιτισμικό, προσκηνυματικό και τουριστικό κέντρο για την Κρήτη.
Ο επισκέπτης θα διαπιστώσει με την πρώτη ματιά, ότι ελάχιστα χωριά συγκεντρώνουν τέτοιο όγκο πολιτιστικών και αρχιτεκτονικών στοιχείων και διατηρούν την παραδοσιακή πολεοδομική γραμμή, όπως είναι η Επισκοπή.
Ο επιβλητικός ναός
Ο ναός του Αγίου Ιωάννη είναι βυζαντινός, σταυροειδής εγγεγραμμένος με τρούλο ως προς το ρυθμό του και κτίστηκε στα ερείπια παλαιότερου.
Ανακαινίστηκε το 1568 από τον Λατίνο Επίσκοπο Ιάκωβο Σορέτο και χρησιμοποιήθηκε από τον ίδιο. Για το λόγο αυτό έχει μείνει γνωστός ως «Φραγκοκλησιά».
Ωστόσο και πριν αλλά και μετά την εποχή που στην Κρήτη υπήρχαν Λατίνοι Επίσκοποι, ο ναός χρησιμοποιήθηκε ως έδρα της Επισκοπής Αυλοποτάμου.
Ο τελευταίος Επίσκοπος στο χωριό ήταν ο Καλλίνικος Νικολετάκης, πρώτος Επίσκοπος Ρεθύμνης και Αυλοποτάμου, που εγκαταστάθηκε στην πόλη του Ρεθύμνου.
Διασώζεται ορθόδοξη εικονογράφηση στην κόγχη του διακονικού, που χρονολογείται από τον 14ο αιώνα.