Πέντε νέα σωματεία-μέλη της έχει να παρουσιάσει η Ένωση του Ρεθύμνου, στη σεζόν που είναι έτοιμη να ξεκινήσει από την Κυριακή, αρχής γενομένης βέβαια από την κλήρωση των πρωταθλημάτων.
Πρόκειται για την Πηγή που επανεμφανίζεται έπειτα από μία 4ετία, ο Αστέρας Περάματος έπειτα από έναν χρόνο απουσίας, την Επισκοπή 2010 έπειτα από έναν χρόνο απουσίας επίσης και τα πρωτοεμφανιζόμενα σωματεία, Αθλητική Ένωση Αναγέννησης που συνδέει τις περιοχές χωριά Μπαλίου, Πανόρμου, Σκεπαστής και Ρουμελή, και το Λίβα.
Η ΑΕ Αναγέννησης θα έχει έδρα τη Σκεπαστή Μυλοποτάμου. Το συγκεκριμένο σωματείο έλαβε τον Αριθμό μητρώου 6.467.
Το δεύτερο σωματείο που ετοιμάζεται να συστηθεί στο ρεθεμνιώτικο ποδοσφαιρικό γίγνεσθαι είναι ο Λίβας Αθλητικός Σύλλογος. Ο Λίβας εδρεύει στην πόλη του Ρεθύμνου, ενώ ως γήπεδό του ίσως χρησιμοποιήσει αυτό των Αρμένων με κάθε δημοσιογραφική επιφύλαξη. Ο Λίβας έχει λάβει ως αριθμό μητρώου το 6.472.
Έπειτα από έναν χρόνο απουσίας επιστρέφει ο Αστέρας Περάματος προφανώς με μία ομάδα που θα τελεί τη θυγατρική της ΑΕ Μυλοποτάμου. Η ομάδα θα αποτελείται από αρκετούς νέους ποδοσφαιριστές και κατ’ ουσία ο σύλλογος θα είναι το προπύργιο της ΑΕΜ. Ο Αστέρας έλαβε αριθμό μητρώου 6.474.
Επισκοπή 2010 και Πηγή θα ξαναλάβουν κανονικά μέρος στο πρωτάθλημα της Β’ κατηγορίας, έπειτα από τα κενά τους αγωνιστικά διαστήματα.
Αναγέννηση, Πηγή και Λίβας έλαβαν την έγκριση ως αναγνωρισμένα πλέον σωματεία από την ΕΕΘ.
Για τη σεζόν 2016-17, 10 ομάδες μαζί με τα παραπάνω 5 σωματεία θα βρεθούν στην κληρωτίδα της ΕΠΣΡ όπου θα μάθουν το πρόγραμμα της σεζόν, το οποίο θα γίνει γνωστό αυτή την Κυριακή.
Τα 15 σωματεία της Β’ ΕΠΣΡ (2016-17)
Τα σωματεία που θα λάβουν μέρος στη Β’ κατηγορία τοπικού Ρεθύμνου είναι τα ακόλουθα: ΑΟΝ Κεραυνός, ΑΓΣΣΝ Φοίνικας, ΑΟ Ασή Γωνιάς, ΑΓΟΔΑ-Παναρκαδικός, Αετός Ανωγείων, ΝΕΑΡ, Νέοι Ζωνιανών, ΑΟ Απόλλων, Τάλως Γαράζου, ΑΟ Μελάμπων, ΑΟ Επισκοπής 2010, ΑΟ Πηγής, ΑΕ Αναγέννηση Μ.Π.Σ.Ρ., Λίβας ΑΣ, Αστέρας Περάματος.