Αποχώρησαν από την ομάδα ο αρχηγός Στέλιος Κοζανίδης (πήγε σε ομάδα της Σαντορίνης), ο Δημήτρης Ρηγάκης (οδεύει προς το Πέραμα), Λευτέρης Ρουσσάκης και Στέλιος Πρινιανάκης.
Συγκεκριμένα το 2011-12 κατέκτησε για πρώτη φορά στην ιστορία του το πρωτάθλημα Α’ Τοπικού ΕΠΣΡ, σε μια συναρπαστική μάχη που κρίθηκε την τελευταία αγωνιστική, αφήνοντας στη 2η θέση τ’ Αρκάδι Αγγελιανών με 75 βαθμούς, έναντι 79.
Πρώτος σκόρερ της ομάδας και 4ος συνολικά ήταν ο Κ. Βλιζνάκης με 18 γκολ, έναντι 30 του Λ. Τζαγκαράκη άλλοι σκόρερ της ομάδας (Δ. Κλίνης 15, Μ. Σ. Σφακιανάκης 14, Π. Ρουμελιώτης 12).
Το 2012-13 ήταν η χρυσή χρονιά για τον Ερμή Ζωνιανών, αφού πήρε μέρος στο τελευταίο περιφερειακό της ιστορίας, στον Κρητικό Όμιλο επί 10 ομάδων κατέλαβε την 4η θέση με 30 βαθμούς (νίκες 8, ισοπαλίες 6 και ήττες 4) με 24-17 γκολ (πρώτο ο ΠΟΑ).
Πρόεδρος της ομάδας ο Γιάννης Κάββαλος, με προπονητή τον Μανόλη Σουτζή.
1. ΠΟΑ 41
2. ΠΑΟΚ 30
3. Ηρόδοτος 30
4. Ζωνιανά 30
5. Γιούχτας 29
6. Κισσαμικός 27
7. Αναγέννηση Ιερ. 27
8. Α.Ε. Κατσαμπά 12
9. ΟΦΙ 10
10. Πατούχας 9
Σημείωση: Υποβιβάστηκαν οι τέσσερις τελευταίοι.
Παρά την πολύ καλή του πορεία, υποβιβάστηκε τελικά σε ισοβαθμίες, αφού κατέλαβε την 9η θέση με 38 βαθμούς (νίκες 10, ισοπαλίες 8, ήττες 10) και 34-32 γκολ.
(6ου ομίλου 2013-14)
1. ΑΕΚ 72
2. Κηφισιά 54
3. Ηρόδοτος 45
4. Τριγλία Ρ. 44
5. Αστέρας Βαρ. 42
6. Ηλυσιακός 42
7. ΠΑΟΚ 40
8. Μανδραϊκός 38
9. Ζωνιανά 38
10. Αιγάλεω 36
11. Θύελλα Ρ. 35
12. Περιστέρι 30
13. Περαμαϊκός 28
14. Παναξιακός 17
15. ΑΟΑΝ 13
Γ’ τοπικού (2) 1965, 2002.
Β’ Τοπικού (4) 1967, 1986, 1995, 2008.
Α’ Τοπικού (1) 2012.
Κυπελλούχος ΕΠΣΡ (1) 2013 Ζωνιανά-Λιβάδια 1-0.
Σούπερ Καπ (1) 2013 Ζωνιανά-Ψηλορείτης 2-1.
Με πρόεδρο να παραμένει τον Γιάννη Κάββαλο, το νέο Δ.Σ. έχει ως εξής:
Πρόεδρος: Γιάννης Κάββαλος.
Αντιπρόεδρος: Μιχάλης Ζερβός.
Γενικός Γραμματέας: Γιάννης Παρασύρης.
Ταμίας: Ιάσωνας Παρασύρης.
Α’ γενικός αρχηγός: Βαγγέλης Κάββαλος.
Β’ γενικός αρχηγός: Δημήτρης Σφακιανάκης.
Φροντιστής: Λευτέρης Κλίνης.
Το νέο Δ.Σ. βάζει υψηλούς στόχους με τεχνικό δίδυμο τους Λευτέρη Κορνάρο και Κώστα Σταυρακάκη.