Σε μια τελετή που παρακολούθησε πλήθος κόσμου από το Ρέθυμνο, τη γύρω περιοχή αλλά και τη γενέτειρα του Αρχιμανδρίτη Βαρθολομαίου Ξερουδάκη, ο Σεβασμιότατος Μητροπολίτης Λάμπης και Σφακίων κ.κ. Ειρηναίος, έχρισε τον Αρχιμανδρίτη, Καθηγούμενο της Μονής του Αγίου Πνεύματος, παραδίδοντάς του την Ηγουμενική Ράβδο. Έτσι, με αυτό το τελετουργικό, η Ιερά Μονή Αγίου Πνεύματος Κισσού, απέκτησε και επίσημα ύστερα από 200 σχεδόν χρόνια τον πρώτο της Καθηγούμενο, Πανοσιολογιότατο Αρχιμανδρίτη Βαρθολομαίο Ξερουδάκη, από τα Σελλιά Αγίου Βασιλείου. Την τέλεση της ενθρόνισης, ακολούθησε κέρασμα στον προαύλιο χώρο της Μονής, όπου οι παριστάμενοι κάθισαν για να απολαύσουν την ομορφιά του τοπίου, την πανοραμική θέα που παρέχει αλλά και φυσικά το παραδοσιακό κόκκινο κρασί, το βραστό και το πιλάφι που προσφέρθηκε σε αυτούς μετά το τέλος της τελετής.
Σκαρφαλωμένο σε ύψος 640 μέτρων, στη νοτιοδυτική πλαγιά του Βουνού Κέντρος και 7 χιλιόμετρα ανατολικά του Σπηλίου, το μοναστήρι βρίσκεται σε θέση που καθυποβάλει τον επισκέπτη από την πρώτη στιγμή. Οι κτήτορες του μοναστηριού παραμένουν άγνωστοι, αλλά η ιστορική του καταγραφή στα ενετικά αρχεία το φέρουν ως πλούσια και εν ενεργεία Μονή, ήδη από το 1635. Ο ναός της είναι δίκλητος, αφιερωμένος εξ’ αριστερών στον Άγιο Νικόλαο και εκ δεξιών, στο Άγιο Πνεύμα. Η λαϊκή παράδοση, προσθέτει πως κτήτορας υπήρξε η βυζαντινής καταγωγής, Πλούσια Μαρία, ή αλλιώς Αιγιδού Μαριώ, η οποία υπάρχει σε αφηγήσεις και τοπωνύμια της γύρω από το Κέντρος περιοχής, τόσο στα χωριά του Αγίου Βασιλείου, όσο και σε αυτά του Αμαρίου.
Τα ιστορικά ντοκουμέντα την αναδεικνύουν σε μοναστήρι πλούσιο και ισχυρό, το οποίο αποτελεί και την ημί-μόνιμη έδρα του Επισκόπου Λάμπης. Ο λόγος είναι ότι στο χωριό Λαμπινή, όπου αρχικά βρισκόταν η έδρα της Μητρόπολης, βρισκόταν παράλληλα και η έδρα του τούρκου τοποτηρητή, η παρουσία του οποίου περιόριζε σημαντικά τη δυνατότητα δράσης του εκάστοτε μητροπολίτη. Αντίθετα, η μονή του Αγίου Πνεύματος, δυσπρόσιτη και οχυρωμένη στην πλαγιά του Κέντρους, παρείχε μεγάλη άνεση στο εύρος των πρωτοβουλιών του Μητροπολίτη.
Η άνθισή της διαπερνά την περίοδο της τουρκοκρατίας ως και το καλοκαίρι του 1821(15 Ιουνίου), οπότε, ως αντίποινα στην ανατρεπτική δράση της και της προστασίας που παρείχε στους επαναστατημένους, οι οποίοι την ίδια μέρα ανακόπτουν την προέλαση του Ντελή Μουσταφά κοντά στο Σπήλι, τούρκικο απόσπασμα φτάνει στη Μονή, σκοτώνει τον ηγούμενο και όλους τους μοναχούς και παραδίδει στις φλόγες το μοναστήρι. Είναι μάλιστα η πρώτη Μονή, η οποία πυρπολείται από τούρκικα στρατεύματα στην μακρά περίοδο των κρητικών επαναστάσεων. Από τότε και ως τα 1836 από το πρώην μοναστηριακό συγκρότημα παραμένουν μονάχα σωροί από πέτρες και οι μαύροι τοίχοι του καμένου ναού του.
Εν τω μεταξύ, η διοίκηση της Κρήτης περνά σε αιγυπτιακά χέρια. Η αιγυπτιακή διοίκηση που διαρκεί μέχρι και το 
1840, είναι ηπιότερη και δικαιότερη της τούρκικης. Δίνεται έτσι το έναυσμα στον τότε Επίσκοπο Λάμπης και Σφακίων Νικόδημο Σουμπασάκη, Αγιοβασιλειώτη στην καταγωγή, να προχωρήσει σε υποχρεωτικούς εράνους για τη συλλογή πόρων, να εξαγοράσει με τα χρήματα αυτά την υφαρπαγμένη περιουσία του μοναστηριού από τους Εσπέχηδες της περιοχής και το 1836 να ιδρύσει την Σχολή Αγίου Πνεύματος Κισσού.
Η δραστηριότητα της Σχολής, ανακόπτεται για τρία χρόνια, κατά τη διάρκεια της κρητικής επανάστασης του 1866. Το 1870 η Επαρχιακή Σχολή, αναβαπτίζεται και αναβαθμίζεται σε Ελληνική Σχολή Αγίου Βασιλείου, παρέχοντας δευτεροβάθμια εκπαίδευση τριών τάξεων στους μαθητές της.
Η χειροτόνηση του Ευμένειου Ξηρουδάκη, από την Ανώπολη Σφακίων, Επισκόπου Λάμπης και Σφακίων(1887) και αργότερα Μητροπολίτη Κρήτης(1889), αναβαθμίζει ακόμα περισσότερο τη Σχολή. Αποφασίζεται η αναδιοργάνωση της εκπαίδευσης της επαρχίας και η λειτουργία μίας μονάχα και άρτια εξοπλισμένης, διδακτικά και υλικοτεχνικά, Ελληνικής Σχολής. Αυτή δεν είναι άλλη από την «Ελληνική Σχολή εν τη μονή του Αγίου Πνεύματος», τη συντήρηση της οποίας ανέλαβε η Μονή Πρέβελη, με την προϋπόθεση να μετονομαστεί σε «Ιερατική». Η Σχολή θα καταφέρει να λειτουργήσει για δύο χρόνια, αλλά η κρητική επανάσταση στα 1890 ανακόπτει ξανά τη λειτουργία της.
Το 1894, ο Μητροπολίτης πλέον Ευμένειος Ξηρουδάκης, συντάσσει ένα πλήρες καταστατικό για την επαναλειτουργία της Σχολής, το οποίο φέρει τη σφραγίδα-έγκριση του Οικουμενικού Πατριαρχείου. Με οικοτρόφους μαθητές και τετραετή εκπαίδευση, η δομή της είναι από τις πιο καινοτόμες στην εκπαίδευση της εποχής. Λειτουργεί με αυτήν ως το 1889, οπότε και την αρμοδιότητα της Παιδείας αναλαμβάνει η Κρητική Πολιτεία και όχι η Εκκλησία. Το 1909, με διάταγμα, καταργούνται όλα τα «Ελληνικά Σχολεία» της Κρητικής Επικράτειας. Από τότε και μέχρι τη δεκαετία του ‘20, συνεχίζεται στο χώρο του σημερινού μοναστηριού, η λειτουργία σχολείου, πρωτοβάθμιας πλέον εκπαίδευσης(δημοτικού). Η παρουσία της φθίνει συνεχώς μέχρι που σβήνει κοντά στο 1930.
Το 1938, επί κατοχικής κυβέρνησης Τσολάκογλου, ολοκληρώνεται η σταδιακή πώληση, σε ιδιώτες, της περιουσίας, αλλά και των κτιρίων του μοναστηριού. Όπως χαρακτηριστικά αφηγείται στη συνάντηση μας ο νέος Ηγούμενος, Βαρθολομαίος Ξερουδάκης, «η παράδοση φέρει το τελευταίο κτίριο της μονής να πωλείται σε ιδιώτη έναντι 2 πλεξίδων κρεμμυδιών(!)», θέλοντας με αυτό τον τρόπο να τονίσει την εξευτελιστική υποτίμηση της ιστορικότητας του τόπου από πωλητές και αγοραστές της εποχής. Σταδιακά, το πρώην μοναστήρι «αποσυναρμολογείται» από κατοίκους της γύρω περιοχής οι οποίοι χρησιμοποιούν ως οικοδομικά υλικά τις πέτρες του ερειπωμένου πλέον τόπου.
Η ανοικοδόμηση και αναζωογόνηση της Μονής, ξεκινά το 1997, όταν ύστερα από πολυετείς εράνους, με τη μορφή «αναγκαστικής απαλλοτρίωσης έναντι 13.000.000 δραχμών», όπως ανέφερε ο Ηγούμενος, ανακτάται από τους ιδιώτες κληρονόμους το κτιριακό συγκρότημά της. Σε αυτή την προσπάθεια για την αναβίωση του μοναστηριού, σημαντικό ρόλο έπαιξε ο Πολιτιστικός Σύλλογος Κισσού, με την αμέριστη στήριξη και συμπαράσταση της Ιεράς Μητρόπολης Λάμπης και Σφακίων. Στη συνέχεια, ενεργό ρόλο ανέλαβε η Εφορία Αρχαιοτήτων, η οποία με κονδύλια από το ΕΣΠΑ, αναστήλωσε τόσο το ναό όσο και το κτίριο, όπου σήμερα στεγάζεται το ηγουμενείο.
Παρότι ο Ηγούμενος Βαρθολομαίος Ξερουδάκης είχε αναλάβει πολύ νωρίτερα(2008) την επίβλεψη της Μονής του Αγίου Πνεύματος Κισσού, η επίσημη εγκατάσταση του εκεί ορίζεται στις 30 Ιανουαρίου 2011. Όπως μας αφηγείται, αφού τέλειωσαν οι βασικές εργασίες αποκατάστασης και αναστήλωσης, «στις 12 Δεκεμβρίου 2010 έμεινα για πρώτη φορά στο ηγουμενείο. Το πρωί που ξύπνησα ο Κισσός και ο προαύλιος χώρος της Μονής ήταν χιονισμένος. Παρόλο το κρύο, την έλλειψη θέρμανσης και τις γενικότερες αντίξοες συνθήκες, η ημέρα αυτή θα παραμένει χαραγμένη στη μνήμη μου ως μία από τις ομορφότερες της ζωής μου».
Αντί επιλόγου παρατίθεται το τέλος του «επιβατήριου λόγου», που εκφώνησε μετά την τελετή παραλαβής της Ηγουμενικής Ράβδου: «…Σας ζητώ επίσης την εκ των προτέρων ως οφείλω μοναχική συγνώμη, για τις ατέλειές μου και ζητώ, και γι’ αυτό την προσευχή σας, όμως και την ανοχή σας, διότι ως άνθρωπος σάρκα φορών και τον κόσμο οικών, και δεν βρίσκομαι σε αυτόν τον χώρο σαν άγιος, αλλά ως αμαρτωλός, επιζητών και διεκδικών την αγιότητα, και μέσα σε αυτήν την ίδια αρένα της ζωής, και ‘γω, με τον ίδιο αρχαίο εχθρό, όπως όλοι μας, αγωνίζομαι. Ως μειρακίσκος και κάτισχνος πνευματικά υπάρχω, πολλούς, πολλές φορές μπορεί να απογοητεύσω, μη γένοιτο!, αλλά ευθέως σας παραθέτω τις επιφυλάξεις μου, στέκομαι προ των ευθυνών μου, και σας υπενθυμίζω, ότι ως κληρικός, αλλά και ως άνθρωπος διακονώ την Εκκλησία και το γεώργιο τούτο, οικιστής θέλω γένομαι και μέτοχος, της ατερμόνου χαράς του Παραδείσου….». Έτσι έκλεισε την ομιλία του ο πρώτος, έπειτα από 200 χρόνια, Καθηγούμενος της Ιεράς Μονής Αγίου Πνεύματος Κισσού, Πανοσιολογιότατος Αρχιμανδρίτης Βαρθολομαίος Ξερουδάκης. Με τη σειρά μας, του ευχόμαστε πάντα άξιος σε ό,τι κάνει και καλή δύναμη στα σημαντικά καθήκοντα που επωμίζεται.
