Το 2ο Δημοτικό Σχολείο Ρεθύμνου αποτελεί τη συνέχεια του Αλληλοδιδακτικού Σχολείου Θηλέων Ρεθύμνου και πρωτολειτούργησε το 1845.
Το Αλληλοδιδακτικό Σχολείο ξεκίνησε πριν το 1821, αλλά επίσημα την εποχή του Καποδίστρια στα τμήματα Τάξεων εξασφαλίζοντας ομοιογένεια και πειθαρχία. Έλυνε το πρόβλημα έλλειψης δασκάλων σε μεγάλα τμήματα, όπου οι μεγαλύτεροι μαθητές και οι καλύτεροι δίδασκαν με την καθοδήγηση του δασκάλου τους μικρότερους και τους πιο αδύνατους.
Τα πρώτα χρόνια στεγάστηκε στο γυναικωνίτη της εκκλησίας των Εισοδίων της Θεοτόκου και αργότερα σ’ ενοικιαζόμενη κατοικία, που στη συνέχεια εξαγοράστηκε.
Το σχολικό έτος 1845-46 το Παρθεναγωγείο είχε 66 μαθήτριες με δασκάλες την Κατίγκω Σαουνάτσου και Μαρία Βασιλογλουδοπούλου.
Το 1862 άρχισε η ανέγερση του κτιρίου του Παρθεναγωγείου Ρεθύμνης στον περίβολο του μητροπολιτικού ναού. Το μεγαλοπρεπές αυτό κτίριο ολοκληρώθηκε το 1871 και για 30 σχεδόν χρόνια στέγασε το Κατώτερο και το Ανώτερο Παρθεναγωγείο Ρεθύμνης. Στη συνέχεια το σχολείο στεγάστηκε στο κτίριο του περιβόλου του ναού της Αγίας Βαρβάρας (σημερινή Δημόσια Βιβλιοθήκη).
Επίσημα ιδρύθηκε ως Παρθε
ναγωγείο 4/τάξιο με διάταγμα της Κρητικής Πολιτείας ΦΕΚ 87/7-10-1899.
Από το 1929 μετονομάστηκε σε 2ο 6/θέσιο Δημοτικό Σχολείο Ρεθύμνου και από τότε λειτουργεί ως μικτό.
Από το 1918 το Σχολείο στεγάστηκε στα κτίρια των «τούρκικων σχολείων» μέχρι το 1933, οπότε μεταφέρθηκε οριστικά στη σημερινή θέση, στο κτίριο της Λεωφόρου Κουντουριώτη. Το κτίριο αυτό οικοδομήθηκε με δαπάνες του υπουργείου Παιδείας σε οικόπεδο 3.700 τετραγωνικών μέτρων, που παραχωρήθηκε δωρεάν από τον Δήμο Ρεθύμνης.
Στα τέλη της δεκαετίας του 1970 χρειάστηκε η προσθήκη της νέας πτέρυγας για την ικανοποίηση των αυξημένων αναγκών του σχολείου.
Στο ιστορικό αυτό σχολείο έχουν φοιτήσει πάνω από 30.000 μαθητές και μαθήτριες, παίρνοντας τα πρώτα τους φώτα.
Διευθυντές 2ου Δημοτικού: Γ. Βάιος (1820), Δ. Βαρούχας (1837), Κ. Ψαρουδάκης (1842), Κ. Πετυχάκης, Τάζης Ανασ., Εμμ. Λινοξυλάκης, Ιωάννης Σταμπογιαννάκης, Ανδρέας Σταυρουλάκης (1958), Δημ. Ξεκαλάκης, Σταμ. Ρολόγης, Γ. Παπαδάκης, Στ. Μοτζάκης, Ελ. Μαρκάκης, Ελ. Χιονιά, Αρ. Λαϊνάκης, Στ. Μπερνιδάκης, Μιχ. Ριτσάτος, Ευθ. Πετρουλάκης, Ι. Τυράκης, Γ. Βαρούχας, Ανδ. Σταματεράκης (1990), Κ. Δερεδάκης (1995), Μιχ. Καδής (97-03), Θ. Ελευθεράκης, Γ. Καλλιγιάννης, Αντ. Κτιστάκης, Αλ. Πεδιαδίτης (2011).
Ιδρύθηκε το 1924 ως 1/τάξιο προσφυγικό Σχολείο Θηλέων και το 1928 συγχωνεύτηκε με το 3/τάξιο προσφυγικό Αρρένων, σε 4/τάξιο μικτό και ονομάστηκε 3ο Δημοτικό Σχολείο.
Τη δεκαετία του 1960 έφτασε να ξεπερνά τους 300 μαθητές.
Το σημερινό διδακτήριο χτίστηκε το 1928 και εγκαινιάστηκε το 1932, αργότερα χτίστηκε και η δυτική πτέρυγα.
Διευθυντές ανάμεσα στους αρκετούς αναφέρουμε τους: Π. Δασκαλάκη (1950-57), Ε. Πελεκανάκης, Αντ. Βόλακα, Π. Φραϊδάκη, Στ. Μοτζάκη (1966-70), Αντ. Ζαχαράκη, Μιχ. Σκούληκα, Χαρά Περάκη, Κ. Φλουρή (86-90), Γ. Βαρούχα, Θ. Απανωμεριτάκη (91-94), Ι. Πατσαχάκη, Γ. Δρακούλη, Γ. Αρχοντάκη (2000-05), Εμμ. Μαθιουδάκη, Ι. Βουμβουλάκη, Χρ. Ανεσιάδη (2011).
Ιδρύθηκε το 1911 και λειτούργησε μέχρι το 1972, οπότε και συγχωνεύτηκε με το 1ο. Λειτουργούσε στον πάνω όροφο, με είσοδο από τη νοτική πλευρά (πρώτα εσωτερική σκάλα), αργότερα με εξωτερική.
Ανάμεσα στους διευθυντές: Στέλιος Σαριδάκης (1952), Ελ. Ριτσάτου, Σταμ. Ρολόγης, Ε. Καλούδης, Ελ. Δαμβουνέλης (1970), Ελ. Χιονιά.
