Το λιμάνι του Ρεθύμνου περιλαμβάνεται μεταξύ των 46 μικρών λιμανιών και μαρίνων της χώρας, τα οποία με απόφαση της ολομέλειας του Συμβουλίου της Επικρατείας παραχωρούνται οριστικά στο ΤΑΙΠΕΔ, που με τη σειρά του θα τα μεταβιβάσει προς τρίτους προκειμένου να τα εκμεταλλευτούν τουριστικά.
Ειδικότερα η ολομέλεια του ΣΤΕ με 28 αποφάσεις της (υπ’ αριθμ. 1129 έως 1156/2016) έκρινε συνταγματική και νόμιμη την παραχώρηση στο ΤΑΙΠΕΔ και την εν συνεχεία μεταβίβαση σε τρίτους των μικρών λιμένων και τουριστικών λιμένων σκαφών αναψυχής, καθώς η μεταβίβαση αποσκοπεί σε σκοπούς δημοσίου συμφέροντος.
Στο Συμβούλιο της Επικρατείας είχαν προσφύγει δήμοι, δημοτικά λιμενικά ταμεία και κάτοικοι περιοχών που έχουν λιμάνια, μεταξύ των οποίων το Διαδημοτικό Λιμενικό Ταμείο Ρεθύμνου και κάτοικοι της πόλης και ζητούσαν να ακυρωθεί η από 13.8.2012 απόφαση της διυπουργικής επιτροπής αναδιαρθρώσεων και αποκρατικοποιήσεων για τη μεταφορά στο ΤΑΙΠΕΔ μικρών λιμένων και τουριστικών λιμένων σκαφών αναψυχής (μαρίνες) σε διάφορες περιοχές της χώρας.
Στην απόφαση του ΣΤΕ από τα 900 μικρά και τουριστικά λιμάνια της χώρας περιελήφθησαν τα 46, τα οποία δεν ήταν αναγκαία για στρατιωτικούς σκοπούς, δεν είχαν παραχωρηθεί σε ιδιώτες, καθώς και εκείνα που δεν είχαν τις στοιχειώδεις εγκαταστάσεις, όπως και ορισμένοι τουριστικοί λιμένες, οι οποίοι μπορούν να ενταχθούν σε ενιαία ιστιοπλοϊκή ή ναυσιπλοϊκή διαδρομή έτσι ώστε να μπορεί να δημιουργηθεί μια μαρίνα (hub-marines, satellite ports).
Η ολομέλεια του ΣτΕ απέρριψε ως αβάσιμους όλους τους ισχυρισμούς των δήμων υπογραμμίζοντας ότι σύμφωνα με τη μνημονιακή νομοθεσία, οι εν λόγω παραχωρήσεις των μικρών λιμένων «αποσκοπούν στην ικανοποίηση συγκεκριμένου δημόσιου συμφέροντος, δηλαδή στη αποπληρωμή του δημόσιου χρέους, βάσει σχετικού συνολικού προγράμματος».
Τονίζεται επίσης στην απόφαση ότι: «Η παραχώρηση είναι επιτρεπτή και δεν προσκρούει στις διατάξεις των άρθρων 106, 25 και 5 του Συντάγματος, αλλά ούτε στο άρθρο 24 που προστατεύει τον αιγιαλό και την παραλία».
Να σημειωθεί ότι για το Ρέθυμνο το μεγαλύτερο πρόβλημα έγκειται στο γεγονός ότι στην προοπτική παραχώρησης του λιμανιού στο ΤΑΙΠΕΔ και κατ’ επέκταση σε ιδιώτες επενδυτές θα πρέπει να παραχωρηθεί και μεγάλο μέρος της χερσαίας ζώνης του λιμανιού, (όπως προβλέπεται από τη διυπουργική απόφαση του 2012) που όμως πρόκειται για αρχαιολογικό χώρο.
Να υπενθυμίσουμε ότι το 2012 μετά τη διυπουργική απόφαση για παραχώρηση τω λιμένων στο ΤΑΙΠΕΔ δημοσιεύματα αθηναϊκών εφημερίδων ήθελαν Κινέζους και Τούρκους επιχειρηματίες να έχουν εκδηλώσει ενδιαφέρον να ε επενδύσουν στη μαρίνα-λιμάνι Ρεθύμνου.