Την επιτάχυνση των εργασιών για την επιστροφή ΦΠΑ ζήτησε ο Γενικός Γραμματέας Δημοσίων Εσόδων κ. Χ. Θεοχάρης από τις Εφορίες. Σύμφωνα με εγκύκλιο του Γενικού Γραμματέα Δημοσίων Εσόδων από τις 20 Μαρτίου 2013 καθιερώθηκε νέα διαδικασία επιστροφής πιστωτικού υπολοίπου ΦΠΑ και οι αιτήσεις επιστροφής επεξεργάζονται κεντρικά με βάση σύστημα ανάλυσης κινδύνου. Έτσι, αποστέλλονται κάθε μήνα στις ΔΟΥ αρχεία αιτήσεων οι οποίες θα πρέπει να διεκπεραιωθούν χωρίς έλεγχο και αιτήσεων για τις οποίες απαιτείται έλεγχος πριν την επιστροφή.
Ήδη από τα μέσα Απριλίου δόθηκαν σαφείς οδηγίες για την υλοποίηση της εν λόγω διαδικασίας με στόχο την έγκαιρη ολοκλήρωση της και την απόδοση των οφειλόμενων ποσών στους δικαιούχους, προσδιορίζοντας δεσμευτικές προθεσμίες για κάθε κατηγορία αιτήσεων επιστροφής. Ωστόσο, παρά τη νέα διαδικασία παρατηρείται σημαντική καθυστέρηση από ορισμένες Εφορίες με συνέπεια να παραμένουν σε εκκρεμότητα αιτήσεις για πολύ μεγάλο χρονικό διάστημα.
Όπως τονίζεται στην εγκύκλιο Θεοχάρη η εμφάνιση σημαντικών καθυστερήσεων δεν ενισχύει την αξιοπιστία του Δημοσίου έναντι των επιχειρήσεων, λαμβάνοντας υπόψη ότι στην αντίθετη περίπτωση, όπου δηλαδή οι επιχειρήσεις υποχρεούνται σε καταβολή φόρου, επιβάλλονται κυρώσεις σε περίπτωση μη εμπρόθεσμης εκπλήρωσης των υποχρεώσεών τους.
Ο Γενικός Γραμματέας Δημοσίων Εσόδων αναφέρει πως το υπουργείο αναγνωρίζει τα προβλήματα που αντιμετωπίζουν οι ΔΟΥ, όπως η έλλειψη προσωπικού, τεχνικά προβλήματα από την αναδιοργάνωση των Υπηρεσιών και την ανακατανομή αρμοδιοτήτων, όμως σημειώνει πως για την εμπέδωση εμπιστοσύνης μεταξύ των Υπηρεσιών μας και τις επιχειρήσεις, πρέπει να τηρούνται οι προβλεπόμενες διαδικασίες.
Για το σκοπό αυτό ζητά από τις Εφορίες να διεκπεραιώσουν άμεσα τις αιτήσεις επιστροφής ΦΠΑ με χρόνο αναμονής από την υποβολή τους πάνω από 120 ημέρες, ενώ αναφέρει πως από την 1η Σεπτεμβρίου 2013 και εφεξής θα πρέπει να διεκπεραιώνονται κατά προτεραιότητα οι αιτήσεις με χρόνο αναμονής πάνω από 90 ημέρες.
Ο κ. Θεοχάρης υπογραμμίζει πως σύμφωνα με προωθούμενη νομοθετική ρύθμιση μετά το χρόνο αυτό η επιστροφή θα επιβαρύνεται με τόκο εκπρόθεσμης επιστροφής από το δημόσιο, για το οποίο υπάρχει ευθύνη του υπαλλήλου και της ΔΟΥ.