Ξεκινώντας από τις ηλικιακές κατηγορίες, στις Μικτές Νέων μπορούν να αγωνίζονται παίχτες γεννηθέντες 1996, 1997 και 1998 (πέρσι ήταν 1995-96) δηλαδή από φέτος μαζί με τους 97άρηδες μπαίνουν στη Νέων και οι 98άρηδες. Ο περιορισμός όσον αφορά τους 96άρηδες είναι ότι μπορούν να δηλώνονται στη 18άδα ως έξι 96άρηδες, ενώ μπορούν να βρίσκονται στην 11άδα μέχρι τέσσερις.
Όσον αφορά τις Μικτές Παίδων, θα απαρτίζονται από παίκτες γεννηθέντες τα έτη 1999 και 2000. Ουσιαστικά είναι οι ηλικίες που απάρτιζαν πέρυσι τις Μικτές Προπαίδων.
Στον τρόπο διεξαγωγής , το Ενωσιακό θα γίνει σε τρεις φάσεις και διαφέρει σε σχέση με αυτά που ίσχυαν τα δύο τελευταία χρόνια, καθώς στη β’ φάση θα υπάρχουν Μικτές Περιφέρειας και στη γ’ φάση (τελική) θα υπάρχουν Μικτές Ζώνης! Η α’ φάση θα γίνει κανονικά με τις ομάδες των Ενώσεων. Εν προκειμένω, όσον αφορά τις Κρητικές Ενώσεις, θα απαρτίζουν τον 11ο όμιλο. Η κλήρωση για την α’ φάση θα γίνει την επόμενη Δευτέρα 19 Νοεμβρίου, ενώ τα ματς του ομίλου θα ξεκινούν στις 5 Δεκεμβρίου και ολοκληρώνονται στις 13 Μαρτίου. Μετά το τέλος του ομίλου θα προκύψει η πρωταθλήτρια ομάδα, αλλά αυτό δεν έχει σχέση με τη συνέχεια. Κι αυτό γιατί ο προπονητής της πρωταθλήτριας ΕΠΣ κάθε ομίλου σε συνεργασία με τον περιφερειακό προπονητή, θα συγκροτήσουν την περιφερειακή ομάδα.
Οι κρητικές Ενώσεις θα συγκροτήσουν τη Μικτή Περιφέρειας Κρήτης, η οποία στη β’ φάση θα αντιμετωπίσει τη 10η Περιφέρεια, αποτελούμενη από τις ΕΠΣ Δωδεκανήσου, Κυκλάδων, Λέσβου, Σάμου και Χίου.
Ανεξαρτήτως νικητή, στη συνέχεια η 10η και η 11η Περιφέρεια θα συγκροτήσουν την ομάδα Ζώνης Νήσων, με υπεύθυνο για τη συγκρότηση τον προπονητή της νικήτριας Περιφέρειας στη β‘ φάση, σε συνεργασία με τους περιφερειακούς προπονητές. Στη συνέχεια η Ζώνη Νήσων και οι Ζώνες Βόρειας, Κεντρικής και Νότιας Ελλάδας θα αναμετρηθούν σε τουρνουά τον Μάιο για την ανάδειξη της πρωταθλήτριας Ζώνης. Με το νέο τρόπο διεξαγωγής στόχος της ΕΠΟ είναι οι καλύτεροι παίκτες από κάθε Ένωση να φτάσουν ως την τελική φάση με σκοπό την επιλογή για την Εθνική Παίδων.
1η αγωνιστική: 5 Δεκεμβρίου 2012
2η αγωνιστική: 27 Δεκεμβρίου 2012
3η αγωνιστική: 16 Ιανουαρίου 2013
5η αγωνιστική: 27 Φεβρουαρίου 2013
6η αγωνιστική: 13 Μαρτίου 2013
Πολλά γκολ σημειώθηκαν από τους λιλιπούτιους Ρεθυμνιώτες ποδοσφαιριστές Νέων και Προπαίδων. Στο πρωτάθλημα Νέων διεξήχθησαν οι αναμετρήσει της 7ης αγωνιστικής (υπολείπονται ακόμη τρεις).
Στα τρία παιχνίδια σημειώθηκαν συνολικά 25 γκολ, με τις ομάδες Άρη, Δόξα και ΟΦΑ να παίρνουν τις νίκες.
Οι ποδοσφαιριστές που αγωνίζονται στο πρωτάθλημα αυτό έχουν γεννηθεί το 1996 και νεότεροι.
Στο άλλο πρωτάθλημα Υποδομής των Προπαίδων αγωνίζονται παιδιά γεννηθέντα το 2000-01. Αναλυτικά τα αποτελέσματα έχουν ως εξής:
Αστέρας-Άρης 0-7
Μελιδόνι-Δόξα 0-8
Ακούμια-ΟΦΑ 2-8
Αστέρας 1-ΑΓΟΔΑ 4-1
Λιβάδια-Πέραμα 1 2-1
Άρης-ΕΑΠ 3-3
Ρέθυμνο 1-ΟΦΑ1 1-1
ΡΕΚΑΛ-Ρέθυμνο2 7-16
Αστέρας 2-Πέραμα 2 3-3
Επισκοπή-Ρεθυμνιακός 18-0
Ποσειδώνας-ΑΟΨ 1-0
ΟΦΑ 2-Μαργαρίτες 3-0 (α.α.)
Σπήλι-Ασή Γωνιά 3-0 (α.α.)
Σάββατο 17-11-12
Γήπεδο Ρεθύμνου 10:00 Αστέρας-Δόξα (Ν)
(Βαββός, Τζανάκης, Ι. Παπαδάκης)
Γήπεδο Περάματος 12:30 Μελιδόνι-Ακούμια (Ν)
(Πασινιός, Κανδεράκης, Πετράκης)
Γήπεδο Μισιρίων 18:00 ΑΓΟΔΑ-Λιβάδια
(Μοχιανάκης)
Γήπεδο Ασή Γωνιά 12:00 Ασή Γωνιά-Αστέρας 1
(Γιαννούλης)
Γήπεδο Ατσιποπούλου 17:30 ΕΑΠ-ΟΦΑ1
(Πασινιός)
Γήπεδο Περάματος 11:00 Πέραμα1 -Εέθυμνο1
(Φραγκιαδάκης)
Γήπεδο Μισιρίων 18:00 Άρης-Σπήλι
(Σ. Παπαδάκης)
Γήπεδο Ανυφαντάκης 10:00 Ρέθυμνο 2-ΟΦΑ2
(Μίαρης)
Γήπεδο Γερανίου 12:00 Ποσειδώνας-ΡΕΚΑΛ
(Σ. Παπαδάκης)
Γήπεδο Περάματος 11:00 Πέραμα 2-Ρεθυμνιακός
(Δασκαλομαρκάκης)
Γήπεδο Φουρφουρά 12:00 Ψηλορείτης-Αστέρας2
(Τομακτσίδης)
Γήπεδο Μισιρίων 20:00 Άρης-ΟΦΑ (Ν)
(Παπαδακάκης, Βουγιουκαλάκης, Βικάτος).