Η απόφαση, με πληρότητα αιτιολογιών και σαφήνεια, αντιμετώπισε με ευκρισία ως κεντρικό το καίριο για την Παιδεία ζήτημα της απαλλαγής των μαθητών από το μάθημα των Θρησκευτικών, δεχθείσα ότι δικαίωμα απαλλαγής έχουν αποκλειστικά και μόνον όσοι μαθητές δεν είναι Ορθόδοξοι Χριστιανοί.
Η ίδια καθιστά υπεύθυνους, έναντι του Συντάγματος και του νόμου, τους γονείς, τους Διευθυντές των σχολείων και τον Προϊστάμενο της Δευτεροβάθμιας Εκπαίδευσης για την πιστή εφαρμογή τους σε κάθε περίπτωση, παρακολούθησης του εν λόγω μαθήματος ή απαλλαγής από αυτό. Με ανάλογο τρόπο αντιμετώπισε το Δικαστήριο και όλα τα αμέσως με το παραπάνω ζήτημα συνδεόμενα θέματα, όπως της υποχρεωτικότητας παρακολουθήσεως του μαθήματος για τους Ορθόδοξους μαθητές, των ωρών διδασκαλίας του, του Ορθόδοξου προσανατολισμού έναντι του πλουραλισμού, της πολυφωνίας της πολυπολιτισμικότητας κ.α.
Η απόφαση θεμελιώνεται στις επιταγές του Συντάγματος, των νόμων της Ελληνικής Πολιτείας, των Διεθνών Συμβάσεων, των σχετικών αποφάσεων του Ευρωπαϊκού Δικαστηρίου Ανθρωπίνων Δικαιωμάτων, ως και του Συμβουλίου της Επικρατείας της χώρας μας.
Συγκεκριμένα η απόφαση δέχεται ότι:
1. Η διδασκαλία του μαθήματος των Θρησκευτικών είναι υποχρεωτική, καθώς και η παρακολούθηση από τους μαθητές, οι οποίοι ανήκουν στην «κατ’ Ανατολάς Ορθόδοξον Χριστιανικήν Εκκλησίαν», για την ανάπτυξη της θρησκευτικής τους συνείδησης. Δε νοείται, κατά την απόφαση, απαλλαγή από το μάθημα των Θρησκευτικών για μαθητή Χριστιανό Ορθόδοξο για «λόγους θρησκευτικής συνείδησης».
2. Αναγνωρίζεται ως συνταγματική επιταγή η ανάπτυξη της θρησκευτικής συνείδησης των Ορθόδοξων μαθητών, προεχόντως δε, κατά τη χριστιανική διδασκαλία.
3. Η προστασία της θρησκευτικής συνείδησης δεν αντιτίθεται στις απαιτήσεις του πλουραλισμού, της πολυφωνίας και της πολυπολιτισμικότητας.
4. Οι άθρησκοι, οι αλλόθρησκοι και οι ετερόδοξοι μαθητές έχουν δικαίωμα απαλλαγής από το μάθημα των Θρησκευτικών, αλλά μόνον όταν συντρέχουν στο πρόσωπό τους λόγοι θρησκευτικής συνείδησης, τους οποίους οφείλουν να επικαλούνται οι ίδιοι ή οι γονείς τους (ότι δηλαδή είναι άθεοι, αλλόθρησκοι ή ετερόδοξοι).
5. Η αιτιολόγηση της άρνησης του μαθητή να παρακολουθήσει το μάθημα των Θρησκευτικών δε συνιστά παραβίαση του άρθρου 13 του Συντάγματος, που κατοχυρώνει το ατομικό δικαίωμα της θρησκευτικής ελευθερίας. Η οικειοθελής προς τις κρατικές αρχές γνωστοποίηση του θρησκεύματος του ατόμου, γίνεται με πρωτοβουλία του και για την άσκηση συγκεκριμένων δικαιωμάτων, που αναγνωρίζει η έννομη τάξη για την προστασία της θρησκευτικής ελευθερίας.
6. Οι Διευθυντές των σχολικών μονάδων, οφείλουν να ελέγχουν τη συνδρομή των νομίμων προϋποθέσεων (λόγων) απαλλαγής, ότι δηλαδή πρόκειται για άθεο ή αλλόδοξο ή ετερόθρησκο μαθητή, προκειμένου να διαπιστωθεί η τήρηση του προεκτεθέντος συνταγματικού κανόνα του ειδικού σκοπού του μαθήματος των Θρησκευτικών, που πραγματώνεται με την υποχρεωτική παρακολούθηση από τους Ορθόδοξους μαθητές και για να τηρηθεί ο συνταγματικός κανόνας του άρθρου 13 παρ. 1 του ισχύοντος Συντάγματος, ώστε να διευκολυνθεί ο άθρησκος, αλλόθρησκος ή ετερόδοξος μαθητής, στην άσκηση του δικαιώματός του να απολαύσει «ανεμπόδιστα» την ελευθερία της θρησκευτικής του συνείδησης. Απορρίπτεται η χρήση του δικαιώματος της απαλλαγής με το πρόσχημα ότι υπάρχουν λόγοι συνείδησης.
7. Η απόφαση δέχεται εμμέσως μεν, πλην σαφώς (βλ. σχετ. σελ. 24, 25, 27, σε συνδυασμό με σελ. 6 και 28 αρ. 6 αυτής) ότι αποτελεί ψευδή δήλωση προς δημόσιαν αρχήν η αίτηση απαλλαγής από το μάθημα των Θρησκευτικών υπό Ορθοδόξων μαθητών. Όπως σχετικώς επισημαίνεται στο αιτιολογικό της προσφυγής «Πρόκειται για πρόκληση, ηθικά και παιδαγωγικά, απαράδεκτη, οι μαθητές μας να διδάσκονται έμπρακτα μέσα στο χώρο του σχολείου ότι όταν δεν υπάρχει έλεγχος, έχουν τη δυνατότητα να υπογράφουν ένα ψευδές δημόσιο έγγραφο… το δικαίωμα της απαλλαγής να ασκείται αποκλειστικά από εκείνους οι οποίοι σύμφωνα με το νόμο το δικαιούνται, η δε επίκλησή του να μην καταντά εμπαιγμός».
8. Οι Προϊστάμενοι των Διευθύνσεων είναι υποχρεωμένοι να εφαρμόζουν την κείμενη νομοθεσία, οφείλουν μάλιστα να ελέγχουν την ορθή λειτουργία των σχολείων, εποπτεύοντες όπως οι Διευθυντές των σχολικών μονάδων, κατά την ενάσκηση των υπηρεσιακών καθηκόντων τους ενεργούν ως ανωτέρω προς τήρηση επιταγής του άρθρου 16 παρ. 2 του Συντάγματος και του άρθρου 1 §1 του ν 1566/1985, που ορίζουν ως υποχρεωτική την παρακολούθηση του μαθήματος των Θρησκευτικών από τους μαθητές Χριστιανούς Ορθόδοξους και προς αποκλεισμό της απαλλαγής από το μάθημα αυτό για άλλους λόγους πλην αυτών της θρησκευτικής συνείδησης.
9. Επιβάλλεται όπως η Πολιτεία εξασφαλίζει τη διδασκαλία του κατά τα άνω μαθήματος των Θρησκευτικών στους Ορθόδοξους μαθητές, με την κατάρτιση των προγραμμάτων διδασκαλίας με ύλη σύμφωνη με το δόγμα της χριστιανικής διδασκαλίας, επί ικανόν αριθμό ωρών διδασκαλίας εβδομαδιαίως κλπ.
10. Τα βιβλία του μαθήματος των Θρησκευτικών εκδίδονται με γνώμονα την ως άνω εκ του Συντάγματος επιβαλλόμενη επιταγή και υλοποιούν τον εκτελεστικό αυτού νόμο 1566/1985, αναγνωρίζεται, όπως επιβάλλεται από το Σύνταγμα, η αξία και η αναγκαιότητα της θρησκευτικής αγωγής στο σχολείο, η οποία επιβάλλεται να μην είναι άσχετη με την κοινωνική, την πολιτισμική και τη θρησκευτική συνείδηση του τόπου στον οποίο οι μαθητές ζουν και αναπτύσσονται.
11. Η απόφαση 115/2012 αποδέχτηκε, επίσης, το σκεπτικό των αιτούντων ότι η γνώμη του Συνηγόρου του Πολίτη στις 17.11.2008, η οποία θεωρούσε ότι μπορεί να απαλλάσσονται οι μαθητές «για λόγους συνείδησης χωρίς να δηλώνεται ο λόγος της συγκεκριμένης αυτής επιλογής» είναι σε ευθεία αντίθεση με το Σύνταγμα, τους νόμους του Κράτους, τις εγκυκλίους του Υπουργείου Παιδείας, με τις αποφάσεις του Συμβουλίου της Επικρατείας και του ΕΔΔΑ.
Διευκρινίζεται ότι α) οι απόψεις του Συνηγόρου του Πολίτη (Σ.τ.Π) δεν δεσμεύουν τις Κρατικές Υπηρεσίες, ενώ «… η σιωπηρή άρνηση της Διοικητικής Αρχής να συμμορφωθεί σε πόρισμα του Συνηγόρου του Πολίτου δεν αποτελεί παράλειψη οφειλόμενης ενέργειας». β) Το ΥΠ.Ε.Π.Θ. δεν απεδέχθη τις απόψεις του Σ.τ.Π. και τις απέρριψε ως αβάσιμες. γ) Το Ευρωπαϊκό Δικαστήριο Ανθρωπίνων Δικαιωμάτων δεν επιβάλλει στα Ευρωπαϊκά Κράτη να καταστήσουν το μάθημα των Θρησκευτικών προαιρετικό κατ’ επιταγή των διατάξεων της Ευρωπαϊκής Σύμβασης Ανθρωπίνων Δικαιωμάτων. Δέχεται δε ότι η διδασκαλία του μαθήματος αυτού, ως υποχρεωτική ή όχι για τους μαθητές, ανάγεται εις το εθνικό περιθώριο εκτιμήσεως που αναγνωρίζεται εις τα κράτη.