Το ανασκαφικό έργο στον σπουδαίο αρχαιολογικό χώρο της Ονιθές που μετά την πρώτη προσπάθεια ανάδειξης του την δεκαετία του 1950 από τον αρχαιολόγο Νικόλαο Πλάτωνα, ξεκίνησε και πάλι το 2018 με διευθυντή της ανασκαφής τον αρχαιολόγο Κυριάκο Ψαρουδάκη. Το νέο αυτό ερευνητικό πρόγραμμα, της Εφορείας Αρχαιοτήτων Ρεθύμνου «Ανασκαφική και γεωφυσική έρευνα στην Ονιθέ Γουλεδιανών», πενταετούς διάρκειας, εστιάζει το ενδιαφέρον του, κατά αρχάς, στη διερεύνηση της ακρόπολης και του οικισμού των αρχαϊκών χρόνων.
Κι ενώ η αρχαιολογική σκαπάνη το 2018 και το 2019 προχώρησε σημαντικά δίνοντας σημαντικά αποτελέσματα αφού έφερε στο φώς νέα κτίσματα του 6ου αιώνα π.Χ. η συστηματική ανασκαφή της Ονιθές σταμάτησε την φετινή περίοδο για άγνωστους λόγους. Και προφανώς δεν σταμάτησε εξ αιτίας του κορονοϊού, αφού σε πολλούς αρχαιολογικούς χώρους της Ελλάδας, συμπεριλαμβανομένης της Κρήτης (παράδειγμα στην Ζώμυνθο) οι ανασκαφικές εργασίες έστω και με καθυστέρηση συνεχίστηκαν.
Για το ζήτημα της μη συνέχισης του ανασκαφικού έργου στον αρχαιολογικό χώρο της Ονιθές το 2020, που έχει προκαλέσει ανησυχία και ερωτηματικά τόσο στην τοπική κοινωνία των Γουλεδιανών όσο και στην «Εταιρεία Φίλων της Ονιθές», που τα τελευταία χρόνια σε συνεργασία με την περιφέρεια, τον δήμο και τη μητρόπολη, έκαναν τεράστια προσπάθεια με συνέδρια και εκδηλώσεις που πραγματοποίησαν να κάνουν ευρύτερα γνωστό τον αρχαιολογικό αυτό χώρο, καταθέτει ερώτηση στη βουλή, στην υπουργό Πολιτισμού κ. Λίνα Μενδώνη, ο βουλευτής Ρεθύμνου του ΣΥΡΙΖΑ κ. Ανδρέας Ξανθός, ζητώντας απαντήσεις για τους άγνωστους λόγους που η φετινή ανασκαφική περίοδος χάθηκε, τονίζοντας ότι η παύση των εργασιών δημιουργεί ερωτηματικά.