Στις 23 Ιουνίου 1821 και ενώ η επανάσταση είχε αρχίσει και συνεδρίαζε η σύνοδος Κρήτης στο ναό του Αγίου Μηνά στο Ηράκλειο, οι Τούρκοι όρμησαν στο ναό και φόνευσαν όλους τους Αρχιερείς, δεκαεπτά ιερείς και πέντε αγιορείτες πατέρες από τη μονή Βατοπαιδίου, που είχαν φέρει στο Μέγα Κάστρο για προσκύνηση κατά της επιδημίας της πανώλης, τίμια λείψανα και την Αγία Ζώνη της Υπεραγίας Θεοτόκου. Επίσης σκότωσαν περίπου τριακόσιους Χριστιανούς.
Οι Αρχιερείς που φονεύθηκαν ήταν: Γεράσιμος Κρήτης, Νεόφυτος Κνωσσού, Ιωακείμ Χερσονήσου, Ιερόθεος Λάμπης, Ζαχαρίας Σητείας, Ιωακείμ Πέτρας, Γεράσιμος Ρεθύμνης, Καλλίνικος Κυδωνίας, Μελχισεδέκ Κισάμου, Καλλίνικος Διοπόλεως.
Τον Αρχιερέα Ρεθύμνης Γεράσιμο τον αποκεφάλισαν και έβαψαν τις σημαίες τους με το αίμα του, καθ’ υπόδειξη των Εβραίων, για να νικήσουν και το κεφάλι του με μέλη του, περιφέρανε σε πόλεις και χωριά για να κάμψουν το ηθικό του λαού.
Σ’ όλες τις επαναστάσεις τα πρώτα θύματα των τουρκικών θηριωδιών ήταν οι Αρχιερείς γιατί ήξεραν ότι αυτοί γνώριζαν, κάλυπταν τις επαναστάσεις και ήταν πίσω απ’ αυτές.
Ο Ζανί Ζαντέ αναφέρει: «Τα σχέδια ετηρούντο μυστικά μεταξύ του Πατριάρχου, των μητροπολιτών, των παπάδων, των δημογερόντων» (π. Γεώργ. Μεταλληνός).
Ο Ντομένικο Οριγκόνο, πρόξενος Ολλανδίας σημειώνει:
«Οι Τούρκοι στην Αθήνα κάνουν τα πάντα για να συλλάβουν παπάδες, γιατί, όπως διαδίδεται, οι παπάδες είναι αρχηγοί των επαναστατών».
Ο Εμμανουήλ Ξάνθος αναφέρει: «Την επανάστασιν εκίνησαν και ενεψύχωσαν οι κληρικοί … άνευ των οποίων ο λαός δεν ήθελε κινηθή…».
Υπάρχει όμως και η μαρτυρία των Τούρκων ιστορικών για τη δράση του Ελληνορθοδόξου Κλήρου στον Αγώνα του ’21 . Έτσι, ο Μώραλη Μελίκ Μπέη δέχεται ότι «τον λαόν (της Πελοποννήσου) υπεκίνησαν οι έχοντες συμφέροντα και σχέσεις μετά τούτων, οι έμποροι, οι πρόκριτοι και κυρίως οι Μητροπολίται και γενικώς οι ανήκοντες εις τον Κλήρον, δηλαδή οι πραγματικοί ηγέται του Έθνους».
Συνολικά στην τουρκοκρατία θυσιάστηκαν στα πεδία των μαχών ή σκοτώθηκαν ως αντίποινα, 4 Πατριάρχες.
Από τους 200 αρχιερείς που υπήρχαν σε ολόκληρη την οθωμανική αυτοκρατορία, ενεργό μέρος στον Αγώνα, επώνυμα και αδιαμφισβήτητα, μαρτυρούνται να έλαβαν 73 ιεράρχες, δηλαδή ποσοστό 36,5%. Επίσης, δοκιμάστηκαν, φυλακίστηκαν και βασανίστηκαν 42 αρχιερείς, δηλαδή ποσοστό 21% και μαρτυρείται ότι θυσιάστηκαν για την ελευθερία, είτε με βασανιστήρια και θανάτωση από τους Τούρκους είτε στις πολεμικές συρράξεις, 45 αρχιερείς, δηλαδή ποσοστό 22,5%. Συγκεντρωτικά, λοιπόν, έχουμε: α) Ποσοστό αγωνιστών ιεραρχών 36,5%. β) Ποσοστό μαρτύρων ιεραρχών 21,0%. γ) Ποσοστό θυμάτων ιεραρχών 22,5%.
Γι’ αυτό με σκληρή γλώσσα ο Μακρυγιάννης επισημαίνει: «… βρίζουν, οι πουλημένοι εις τους ξένους και τους παπάδες μας, οπού τους ζυγίζουν άναντρους και απόλεμους. Εμείς τους παπάδες τους είχαμε μαζί εις κάθε μετερίζι, εις κάθε πόνον και δυστυχίαν. Όχι μόνον διά να βλογάνε τα όπλα τα ιερά, αλλά και αυτοί με ντουφέκι και γιαταγάνι, πολεμώντας ωσάν λεοντάρια. Ντροπή, Έλληνες!».
