Η Αγία Σοφία του Άι Γιάννη και τα ευρήματα γύρω από τον ναό δείχνουν ότι πιθανόν ο χώρος ήταν μοναστήρι ή μετόχι μοναστηριού. Το σημείο είναι περίοπτο, πάνω σε ύψωμα, ευήλιο και ευάερο, με τον Πλατύ ποταμό να γουργουρίζει κάτω στο βάθος της ρεματιάς. Δεν είναι τυχαίο ότι η ομορφιά του όλου περιβάλλοντος είχε ελκύσει από τη Μινωϊκή εποχή, με τη δημιουργία έπαυλης σε παρακείμενο αντίστοιχο ύψωμα.
Από τις παρατιθέμενες φωτογραφίες φαίνεται πώς ήταν και πώς έγινε, τις τελευταίες δεκαετίες, το εξωκλήσι της Αγίας Σοφίας, με πολύ κόπο, προσπάθεια, αγώνα, πιέσεις, με τα πενιχρά οικονομικά μέσα της ενορίας μας.
Οφείλουμε ευγνωμοσύνη και τιμή σ’ αυτούς που πρωτοστάτησαν και πάλεψαν ανιδιοτελώς, αφιέρωσαν χρόνο και κόπο, γι’ αυτό το έργο και τα υπόλοιπα της ενορίας μας. Κατά την ανακαίνιση της Αγίας Σοφίας, κάτω από την παλαιά Αγία Τράπεζα βρέθηκαν λείψανα Αγίων σε ειδική κόγχη, από την εποχή των εγκαινίων της και το παρατιθέμενο σημείωμα στα Ρωσικά. Η μετάφραση του αναφέρει:
«Όνομα της εταιρίας Ρωσική.
Όποιος θέλει εικόνες, βιβλία και φύλλα μπορεί να τα πάρει από την Οδησσό, από τον Αφόνε Ηλίνε για να δώσετε στον Αφόνε ρωσικής καταγωγής.
Αρχιμανδρίτης Γαβριήλ Λαδεφό
Σεπτέμβριος 1896».
Αυτό σημαίνει ότι τα εγκαίνια του υπάρχοντος μικρού ναού, μάλλον έγιναν επί της εποχής, που υπεύθυνος στον νομό Ρεθύμνης για την τήρηση της τάξης, μετά την αποχώρηση του τουρκικού στρατού, από το 1897 έως το 1909 επί αυτόνομης Κρητικής Πολιτείας ήταν ο Ορθόδοξος Ρωσικός στρατός, που έκανε αρκετά έργα σε ναούς στον νομό. Τον νομό Χανίων είχε αναλάβει ο Ιταλικός στρατός, τον νομό Ηρακλείου ο Αγγλικός και τον νομό Λασιθίου ο Γαλλικός.
Όλα τα στοιχεία των εγκαινίων επανατοποθετήθηκαν και υπάρχουν εντοιχισμένα στη νέα Αγία Τράπεζα, κατά τα ορθόδοξα ειωθότα των εγκαινιασμένων εκκλησιών. Οι διασωζόμενοι παλαιοί τοίχοι, αλλά και τα υπολείμματα θεμελίων δυτικά, φανερώνουν ότι υπήρχε παλαιός μεγαλύτερος ναός, στο ιερό του οποίου έγινε αργότερα ο υπάρχων, αλλά δεν γνωρίζουμε πότε, ούτε η παράδοση των παλαιών παππούδων και προπαππούδων μας από το 1800, μας έχει διασώσει πότε. Η παράδοσή τους από γενιά σε γενιά ήταν ότι η Αγία Σοφία είναι αφιερωμένη στην Αγία και τις θυγατέρες της και γιορταζόταν 17 Σεπτεμβρίου και όχι Χριστούγεννα ή Πεντηκοστή που γιορτάζει η Σοφία του Θεού. Στις παραδόσεις οφείλουμε σεβασμό και εμπιστοσύνη, γιατί έχουν ανεκτίμητη ιστορική αξία. Η αμφισβήτηση των παραδόσεων πρέπει να αποδεικνύεται με επιχειρήματα, γιατί αυτές, για τους γνωρίζοντες ιστορία, πάντα αποτελούσαν βασικές πηγές της ιστορίας από την εποχή του Ομήρου, του Ηροδότου, του Αρριανού κ.ά., οι οποίοι τις χρησιμοποίησαν αρκετά στις ιστορικές συγγραφές τους. Καταγράφονται 20, 50, 200, 300 και 400 χρόνια μετά τα γεγονότα στα οποία αναφέρονται.
Ναοί αφιερωμένοι στη Σοφία του Θεού είναι ελάχιστοι και άρχισαν να κτίζονται μετά την αμφισβήτηση της Θεότητας του Χριστού από τον αιρετικό Άρειο 300 μ.Χ. Οι περισσότεροι έγιναν μετά το 537 μ.Χ. που κτίστηκε η Αγία Σοφία του Θεού στην Κωνσταντινούπολη, από τον Αυτοκράτορα Ιουστινιανό, όπως η Αγία Σοφία Θεσσ/κης 7ος μ.Χ. αιώνας, η Αγία Σοφία Δράμας 10ος μ.Χ., Αγία Σοφία Σόφιας Βουλγαρίας 6ος μ.Χ., από την οποία η πόλη πήρε το όνομα της και η οποία κατ’ άλλους είναι αφιερωμένη στη Σοφία του Θεού, κατ’ άλλους στη μάρτυρα Σοφία κ.λ.π). Οι ναοί της Σοφίας του Θεού, είναι αφιερωμένοι στον Χριστό, τον Λόγο του Θεού, γιορτάζονται κυρίως την Μεσοπεντηκοστή ή τα Χριστούγεννα ή και την Πεντηκοστή. Οι ναοί οι αφιερωμένοι στη μάρτυρα Αγία Σοφία είναι αρχαιότεροι και άρχισαν να χτίζονται από το 137 μ.Χ. που μαρτύρησαν οι Αγίες, δηλαδή πριν να αρχίσουν να κτίζονται οι ναοί της Σοφίας του Θεού. Τα ερείπια του παλαιού ναού της Αγίας Σοφίας του Άι-Γιάννη τοποθετούνται στους πρωτοχριστιανικούς αιώνες το οποίο δείχνει ότι ήταν ναός της μάρτυρας Σοφίας.
Ευχαριστίες πολλές οφείλουμε σ’ αυτούς που πρωτοστάτησαν, εργάστηκαν και δραστηριοποιήθηκαν στην πάμφτωχη ενορία του χωριού και έγινε σε βάθος δεκαετιών η αναγέννηση και τα πολυδάπανα έργα της ενορίας.
Μέσα σ’ ένα κόσμο άκρας ιδιοτέλειας και ατομισμού, όπου και το παραμικρό δεν δίνεται και δεν γίνεται για το κοινό καλό, είναι επιβεβλημένο να προβάλλονται και να τιμούνται τα αξιομίμητα αυτά παραδείγματα, ανυστερόβουλων ευεργετών και ανθρώπων που εργάζονται, διαθέτουν χρόνο και κόπο για τους κοινωνικούς θεσμούς.
