Η διεξαγωγή του κυπέλλου στη Γ’ Εθνική έφερε κρητικά ντέρμπι με τον Ερμή να αντιμετωπίζει τον ΠΟΑ στο Ατσαλένιο και την ΑΕΕΚ ΙΝΚΑ, τον Εργοτέλη. Η κλήρωση που πραγματοποιήθηκε στα γραφεία της ΕΠΟ, έβγαλε αναμενόμενους κρητικούς εμφυλίους, αφού η Επιτροπή Κυπέλλου αποδέχθηκε το αίτημα των κρητικών σωματείων να αναμετρηθούν στην 1η αγωνιστική μεταξύ τους προκειμένου να αποφευχθεί η κόπωση με τα ταξίδια, φυσικά και τα περίσσια έξοδα.
Στις 22 Φεβρουαρίου οι τελικοί των ομίλων
Η διοργάνωση περιέχει 3 αγωνιστικές και τον τελικό σε κάθε όμιλο. Οι πρώτες συναντήσεις που θα είναι νοκ-άουτ θα πραγματοποιηθούν την Κυριακή 16 Οκτωβρίου, η 2η αγωνιστική θα γίνει την Κυριακή 13 Νοεμβρίου, η 3η αγωνιστική όπου θα πραγματοποιηθούν οι ημιτελικοί του κάθε ομίλου, την Τετάρτη 14 Δεκεμβρίου, ενώ ο τελικός του ομίλου έχει προγραμματιστεί για την Τετάρτη 22 Φεβρουαρίου του 2017.
Η β’ φάση περιέχει τον ημιτελικό γύρο των κυπελλούχων από κάθε όμιλο. Και σ’ αυτή την περίπτωση, οι αγώνες θα είναι μονοί και θα διεξαχθούν σε ουδέτερες έδρες. Τα ματς θα πραγματοποιηθούν την Τετάρτη 29 Μαρτίου του 2017 και από εκεί θα προκριθούν οι δύο νικήτριες ομάδες που θα μετάσχουν στον τελικό για την ανάδειξη του Κυπελλούχου της Γ’ Εθνικής.
Παρακάτω βλέπουμε τα ζευγάρια του 4ου ομίλου αλλά και πως θα έχει η συνέχεια:
Η 1η αγωνιστική (16/10):
Ρόδος – Ιάλυσος (16)
Ατσαλένιος – Ερμής Ζωνιανών (17)
ΑΕΕΚ ΙΝΚΑ – Εργοτέλης (18)
Κηφισιά – Προοδευτική (19)
Ηλυσιακός – Ιωνικός (20)
Άγιος Ιερόθεος – Θύελλα Ραφήνας (21)
Τριγλία Ραφήνας – Εθνικός (22)
Πανθηραϊκός: Περνάει στην επόμενη φάση χωρίς παιχνίδι
Η 2η αγωνιστική (13/11):
Νικητής 21 – Νικητής 22 (23)
Νικητής 18 – Νικητής 19 (24)
Πανθηραϊκός – Νικητής 16 (25)
Νικητής 20 – Νικητής 17 (26)
3η αγωνιστική (14/12):
Νικητής 23 – Νικητής 24 (27)
Νικητής 25 – Νικητής 26 (28)
Τελικός σε ουδέτερη έδρα (22/2/2017):
Νικητής 27- Νικητής 28