Στο μικροσκόπιο των ελεγκτικών υπηρεσιών βρίσκονται αρκετές εμπορικές επιχειρήσεις, καταστήματα εστίασης, αναψυχής και γενικότερα επιχειρήσεις με αυξημένη εμπορική δραστηριότητα στο Νομό Ρεθύμνης, με τους ελέγχους να επικεντρώνονται κυρίως στην έκδοση αποδείξεων, στην τήρηση των βιβλίων και σε άλλες φορολογικές υποχρεώσεις των φυσικών και νομικών προσώπων.
Σύμφωνα με πληροφορίες, ελεγκτές της Δημόσιας Οικονομικής Υπηρεσίας Ρεθύμνου, που έχει αναλάβει πλέον την αρμοδιότητα των καθημερινών ελέγχων, προχωρούν στην έρευνα, τον εντοπισμό και την καταστολή οικονομικών παραβάσεων, ενώ κατά πληροφορίες στην Κρήτη βρίσκεται κλιμάκιο από την Αθήνα, το οποίο «σαρώνει» την τοπική αγορά, επιδιώκοντας να αντιμετωπίσει το πρόβλημα της φοροδιαφυγής.
Όπως αναφέρουν οι ίδιες πληροφορίες, ήδη έχει ελεγχθεί μεγάλος αριθμός επιχειρήσεων στην πόλη και στην ενδοχώρα του Νομού και τα αποτελέσματα δείχνουν μεγάλο ποσοστό παραβατικότητας, καθώς αρκετές επιχειρήσεις διαπιστώθηκε ότι δεν κόβουν αποδείξεις στους πελάτες τους. Αυτό έχει ως αποτέλεσμα την επιβολή προστίμων, τα οποία σημειώνεται ότι είναι «τσουχτερά» καθώς για τη μη έκδοση αποδείξεων, κυμαίνονται από 800 έως 1.200 ευρώ, ανάλογα την κατηγορία της επιχείρησης.
Παράλληλα, εκτός από τις Εφορίες στο «κυνήγι» των παραβατών εισέρχονται και οι νεοσύστατες Φορολογικές Περιφέρειες, οι οποίες μετά από σχετικές εντολές του υπουργείου Οικονομικών, έχουν αναλάβει το συντονισμό της λειτουργίας των Δ.Ο.Υ., καθώς και την υποστήριξη αυτών στην υλοποίηση των επιχειρησιακών τους σχεδίων.
Η Κρήτη εντάσσεται στη Φορολογική Περιφέρεια Πειραιώς η οποία έχει επίσης την χωρική αρμοδιότητα των Δ.Ο.Υ. της Περιφερειακής Ενότητας Πειραιώς και της Περιφερειακής Ενότητας Νήσων της Περιφέρειας Αττικής, καθώς και των Περιφερειών Βορείου Αιγαίου και Νοτίου Αιγαίου.
Επιπλέον, το Σ.Δ.Ο.Ε. Κρήτης, από το οποίο αφαιρέθηκε μεν η αρμοδιότητα των καθημερινών ελέγχων, αλλά εξακολουθεί να ασκεί ελεγκτικό έργο σε σοβαρές υποθέσεις με «οσμή» φοροδιαφυγής, διερευνά δεκάδες περιπτώσεις και σύμφωνα με καλά πληροφορημένες πηγές, σε εξέλιξη βρίσκεται ο έλεγχος για σχετικές υποθέσεις και στο Νομό Ρεθύμνης.